การบริหารการคลังของไทยได้ดำเนินมาเป็นเวลานาน นับตั้งแต่สมัยกรุงสุโขทัยเป็นต้นมา แต่ยังมิได้จัดตั้งหน่วยงานเพื่อทำหน้าที่นี้โดยเฉพาะ รัฐบาลมีรายได้จาก ส่วยสาอากร หรือที่เรียกกันในปัจจุบันว่า ภาษีอากร 4 ชนิด ได้แก่ จังกอบ อากร ส่วย และ ฤชา ในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนต้น ได้มีการจัดระเบียบการปกครองฝ่ายพลเรือนเป็น 4 แผนก เรียกว่า จตุสดมภ์ ซึ่งประกอบด้วย กรมเมือง กรมวัง กรมพระคลัง และ กรมนา โดยกรมพระคลังทำหน้าที่รักษาราชทรัพย์ผลประโยชน์ของบ้านเมือง มีขุนคลังเป็นหัวหน้าบังคับบัญชา และมีพระคลังสินค้าเป็นที่เก็บและรักษาส่วยสาอากร

ในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ (พ.ศ. 1991–2031) ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ปรับปรุงแก้ไขระบบราชการวางระเบียบการคลังการส่วยสาอากรและเศรษฐกิจให้รัดกุมทันสมัย ให้ตราพระราชบัญญัติทำเนียบราชการ โดยแบ่งราชการออกเป็นฝ่ายทหารและพลเรือนซึ่งใช้มาจนถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ ฝ่ายทหารมีสมุหพระกลาโหม เป็นหัวหน้าดำรงตำแหน่งอัครมหาเสนาบดี ฝ่ายพลเรือนมีสมุหนายกเป็นหัวหน้าดำรงตำแหน่งอัครมหาเสนาบดีเช่นเดียวกัน และมีตำแหน่งเสนาบดีจตุสดมภ์อีก 4 ตำแหน่ง คือ

1. พระยายมราช เสนาบดีกรมเมืองบังคับบัญชาการรักษาพระนครและความนครบาล
2. พระยาธรรมาธิกรณ์ เสนาบดีกรมวัง บังคับบัญชาการที่เกี่ยวกับพระราชสำนักและพิจารณาคดีความของราษฎร
3. พระยาราชภักดี (พระยาศรีธรรมราช) เสนาบดีกรมพระคลัง บังคับบัญชาเกี่ยวกับการจัดการรักษาพระราชทรัพย์ที่ได้จากส่วยสาอากรและบังคับบัญชากรมท่าซึ่งเกี่ยวกับการติดต่อค้าขายกับต่างประเทศ และยังมีหน้าที่เกี่ยวกับกรมพระคลังสินค้าการค้าสำเภาของหลวงด้วย
4. พระยาพลเทพ เสนาบดีกรมนา บังคับบัญชาการเกี่ยวกับเรื่องนาและสวน การเพาะปลูกพืชพันธุ์ธัญญาหาร

ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว (พ.ศ. 2367–2394) พระองค์ทรงสนพระทัยที่จะปรับปรุงเศรษฐกิจของประเทศ ในยุคนั้นทางราชการมีความจำเป็นต้องใช้จ่ายเงินมากกว่าในแผ่นดินก่อนๆ ทรงพยายามหาวิธีเพิ่มรายได้แผ่นดินด้วยการให้ผูกขาดการเก็บภาษีอากร โดยอนุญาตให้เจ้าภาษี ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวจีนในประเทศไทยเป็นผู้จัดเก็บภาษีอากรจากราษฎรโดยตรง ในแต่ละปีเจ้าภาษีจะเสนอรายได้สูงสุดในการจัดเก็บภาษีอากรแต่ละชนิดให้แก่รัฐบาล เมื่อได้รับอนุญาตจากรัฐบาลแล้ว เจ้าภาษีจัดแบ่งส่งเงินรายได้แก่รัฐบาลเป็นรายเดือนจนครบกำหนดที่ได้ประมูลไว้เป็นการเริ่มระบบเจ้าภาษีนายอากรนับแต่นั้นมา

ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (พ.ศ. 2394–2411) เมื่อเสด็จขึ้นครองราชย์ โปรดฯตั้งข้าหลวงเดิมยกคุณช้างสัมพันธวงศ์มาเป็นพระยาราชภักดี [1]เป็นจางวางกรมพระคลังมหาสมบัติอยู่ตลอดรัชสมัย และไทยได้เปิดประตูการค้ากับประเทศตะวันตก นับตั้งแต่ได้มีการลงนามใน สนธิสัญญาเบาริง กับประเทศอังกฤษเมื่อปี พ.ศ. 2398 และกับประเทศอื่นๆ บทบัญญัติในสนธิสัญญาบาวริงมีผลให้ไทยต้องยกเลิกการค้าแบบผูกขาด โดยระบบพระคลังสินค้าอย่างเด็ดขาด เลิกล้มการเก็บภาษีเบิกร่องหรือค่าปากเรือ มีการจัดตั้ง ศุลกสถาน (Customs House) หรือ โรงภาษี จัดเก็บภาษีขาเข้าในอัตรา ร้อยชักสาม และภาษีขาออกตามที่ระบุไว้ในท้ายสัญญา ระบบการศุลกากรแบบใหม่ก็นำมาใช้นับแต่ครั้งนั้น

ภายหลังสนธิสัญญาบาวริง การค้าขายระหว่างไทยกับต่างประเทศเจริญขึ้นอย่างรวดเร็ว พ่อค้าชาวต่างประเทศได้นำเงินเหรียญดอลลาร์เม็กซิกันมาขอแลกเป็นเงินไทยมาก จนกระทั่งเงินบาทพดด้วงที่มีอยู่ไม่พอใช้หมุนเวียน ดังนั้นใน พ.ศ. 2403 รัชกาลที่ 4 จึงโปรดเกล้าฯ ให้สร้าง โรงกษาปณ์สิทธิการ ขึ้นในพระบรมมหาราชวัง ผลิตเงินเหรียญด้วยเครื่องจักร มีทั้งที่ทำด้วย ทองคำ เงิน ดีบุก และทองแดงในราคาต่างกัน